San Giuseppe fue el séptimo hijo del matrimonio conformado por Francesco Moscati (abogado) y una aristócrata, Rosa De Luca dei Marchesi di Roseto. La familia vivía en Santa Lucía di Serino, luego se trasladó a Nápoles en 1884, aquí recibió la Primera Comunión, cuatro años más tarde, en la iglesia de las Hermanas del Sagrado Corazón. En esta iglesia, Moscati se reúne con el beato Bartolo Longo, fundador de la ermita de Pompeya al lado de la iglesia y conoció a Santa Caterina Volpicelli.